在抗体药物研发中，CDR（互补决定区）序列的精准识别至关重要。CDR决定了抗体的抗原特异性，是亲和力工程、候选筛选与专利布局的关键依据。然而，由于CDR序列本身的多样性和结构复杂性，其准确解析长期面临技术瓶颈。

随着质谱技术和序列重建算法的不断进步，基于蛋白质水平的全长抗体测序技术，正成为突破CDR识别难题的手段，为抗体开发提供更高分辨率的结构信息。

一、为什么CDR区识别如此关键？

抗体的可变区由三个CDR区（CDR1、CDR2、CDR3）和四个框架区（FR）组成。其中，CDR3因其高度多样性，最能决定抗体的结合特异性，也是最难准确解析的区域。CDR识别对于以下环节至关重要：

• 抗体亲和力改造：CDR结构决定抗原结合位点的构象。
• 候选抗体筛选与比对：需高保真度地识别CDR序列差异。
• 知识产权保护：CDR序列常作为抗体专利的核心内容。
• 免疫原性评估：需识别潜在的T细胞表位，多集中于CDR区。

二、传统CDR识别方法的局限性

过去，CDR识别多依赖于基因工程构建的抗体文库，通过Sanger测序或PCR扩增获得VH/VL序列。这些方法存在显著短板：

• 模板依赖：需已知抗体基因信息或表达载体序列。
• 信息缺失：难以覆盖抗体修饰区、序列突变或拼接异构体。
• 无法反映真实蛋白产物：核酸序列不能还原翻译后修饰（PTMs）。

尤其对于来自杂交瘤或动物血清的天然抗体样本，缺乏模板信息的情况下，传统方法难以实现CDR的完整解析与精准定位。

三、抗体全长测序如何破解CDR识别难题？

基于质谱和高通量测序技术的全长抗体测序（Top-Down / Bottom-Up + De Novo Assembly），可以从蛋白质水平直接读取完整抗体链的氨基酸序列，具有以下优势：

1、从真实产物出发，避免模板依赖

通过质谱对纯化后的抗体蛋白直接进行裂解、酶解与片段分析，不依赖DNA模板，即便是来源未知的杂交瘤或临床样本，也能精准解析。

2、高精度解析CDR区

通过搭配多种酶（Trypsin, Chymotrypsin, Lys-C等）产生重叠肽段，并结合De Novo算法重建序列，CDR1~3的区域覆盖率显著提高。在复杂背景下，仍能实现多肽拼接并准确定位CDR区。

3、识别翻译后修饰与序列变异

全长测序可检测如半胱氨酸异构、糖基化、异源轻链拼接等修饰，有助于识别非典型CDR区变化，增强对功能结构的解析能力。

4、抗体同源异构体分辨能力强

对于有多个相似抗体的表达体系（如多克隆抗体、双特异抗体），高分辨率的质谱策略可解析不同CDR组合，支持抗体库筛选和优化。

四、百泰派克生物科技：加速您的抗体药物开发进程

在百泰派克生物科技，我们集成高分辨率Orbitrap-MS系统与多酶裂解策略，结合自研的序列拼接算法，可实现：

• 全长IgG抗体的序列还原（>95%覆盖率）
• 精确解析VH/VL链与CDR1-3区域
• 识别低丰度突变与罕见修饰
• 提供适用于IND申报的抗体序列报告

结语：更快、更准、更可靠的CDR识别之路

抗体药物的成功开发，始于对其分子本质的精准认知。全长抗体测序技术，尤其在CDR识别方面展现出前所未有的解析力和通用性。通过质谱级别的数据支持，研究者不仅可以获取全面、可信的抗体序列信息，更能为亲和力优化、临床转化与专利保护打下坚实基础。如果您正面临抗体结构解析或CDR区确认的挑战，欢迎联系百泰派克生物科技，我们将以专业、快速、可靠的测序方案，助您一臂之力。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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