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与植物和动物代谢组学相比，微生物在生长培养基中浓度较低，具有低浓度代谢物难于检测，胞内和胞外代谢物不易分离等特点。

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利用含轻、中或重型同位素标记的必须氨基酸培养基培养细胞来标记细胞内新和成的蛋白质，一般培养5-6代，细胞中的蛋白质将被同位素标记。

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使用trypsin和其他酶联合酶切蛋白质样本，LC-MS分离检测后，结合专业的分析鉴定软件，为客户提供蛋白质修饰的种类、位点和比例信息。

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免疫共沉淀（co-inmunoprecipitation, Co-IP）技术是逐渐成为研究蛋白-蛋白间相互作用主要方法和手段，以细胞内源性靶蛋白为诱饵，将靶蛋白抗体与细胞总蛋白进行共孵育

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Real Time PCR法是实时监测解析PCR扩增量的方法。因其无需电泳，大大减低了实验污染的机率，且具有快速、可对检测靶基因定量而倍受青睐

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